את מאבק השחרור בטנגנייקה הוביל האיחוד הלאומי האפריקני טנגנייקה, שדגלו היה טריקולור אופקי של ירוק-שחור-ירוק. הבחירות אישרו את התמיכה הפופולרית המוחלטת בארגון, והרשויות הבריטיות הציעו לשנות את דגל המפלגה לשימוש כדגל לאומי לאחר העצמאות ב- 9 בדצמבר 1961. באותה תקופה נוספו דברי מזל צהובים.
תחת השלטון הערבי הונף זנזיבר מזמן דגל אדום, אך משטר אפריקני שחור עלה לשלטון ב- 12 בינואר 1964, תחת דגל שחור, צהוב וכחול. בחודש שלאחר מכן הנהיגה מפלגת אפרו-שירזי השלטת דגל לאומי חדש הדומה לשלה. הפסים הכחולים-שחורים-ירוקים האופקיים עמדו לים, לעם ולארץ, בהתאמה, ואילו פס אנכי לבן לבן בצד ההנפה נועד לשלום.
באפריל 1964 התאחדו מדינות טנגנייקה וזנזיבר, ובתחילת יולי התמזגו מסורות הדגל שלהן ליצירת הדגל הלאומי החדש של טנזניה. צבעי הדגל שולבו באלכסון לצורך ייחודם. אוכלוסיית הרוב במדינה מסומלת על ידי הפס השחור, ואילו הירוק מציע את המשאבים החקלאיים העשירים של הארץ. העושר המינרלי בא לידי ביטוי בגבולות הצהובים הצרים, ואילו האוקיאנוס ההודי מסומן בכחול. לאחר שזנזיבר התאחד עם טנגניקה, דגל זנזיבר בכל זאת המשיך לשמש באופן מקומי על אותם איים.
