באופן מסורתי, ככל הנראה, קול הרעמים בהרים ובעמקים הרבים של בהוטן הוא קול דרקונים, והמדינה ידועה כ"ארץ דרקון הרעמים "בשפת האם שלה. עם זאת, ייתכן ועיצוב הדרקון של הדגל הושפע מעיצובים דומים ששימשו את הסינים השכנים במשך מאות שנים. בטפריו הדרקון על הדגל אוחז בתכשיטים, עומד לעושר לאומי ולשלמות. הדרקון, שהיה במקור ירוק, כיום לבן, ומסמל טוהר ונאמנותן של קבוצות אתניות שונות במדינה. הצבע הצהוב-כתום, שממשלת בוטאנה מתארת רשמית כצהוב, הוא סמל לכוחו של המלך, כראש הממשלה החילונית, ואילו האדום-כתום קשור לבאקה-ברגיוד-פא (קאגיופה) ו Rnying-ma-pa (Nyingmapa) כתות בודהיסטיות ובמחויבות הדתית של האומה.
התאריך המדויק של הצגת דגל זה אינו ידוע, אך יתכן שהוא התרחש בשנת 1971 כאשר הצטרף בהוטן לאו"ם. עד שנות השישים היה בהוטן סגור ברובו לעולם החיצון; קשרי החוץ שלה התנהלו באמצעות בריטניה (1910–49) ועל ידי הודו (משנת 1949 עד שנות השישים). בידודו של בהוטן וחוסר חוף ים הגבילו בהחלט את הנסיבות בהן נדרש דגל לאומי.
