הדגל אומץ על ידי המועצה הטריטוריאלית בשנת 1967. פסים אנכיים לא שוויוניים מכונים "חיוור קנדי" מכיוון שהוא תואם את אלה בדגל הלאומי הקנדי. (בה heraldry, חיוור הוא פס אנכי מרכזי על מגן, בדרך כלל מכסה שליש או פחות מהשטח.) הפס הירוק בדגל יוקון מיועד ליערות הטריטוריה, ואילו הכחול מיועד לנהרות ואגמים; לבן מיועד לשלג הארקטי. הסמל המרכזי הוא מעיל הנשק הרשמי של יוקון, שהוענק לשטח ב- 24 בפברואר 1956, בצו מלכותי. מעיל הנשק הזה עוצב על ידי המפקד אלן ב בדדו, ואילו הדגל היה הרעיון של מר לין למברט, סטודנט בצומת היינס.
הקברון בשכבת הנשק כולל כלב מלמוט, שהיה בשימוש נרחב בפתיחת שטח יוקון העשיר במינרלים למגורים באירופה. הפס האנכי הגלי שעל המגן עומד על נהר יוקון, המשולשים האדומים מרמזים על הרים, ודיסקי הזהב מתייחסים לזהב ומינרלים אחרים. צלב סנט ג'ורג '(מאנגליה), בתוספת הסמל ההרלדי לפרווה והפרח הטריטוריאלי (הכוויות), משלים את עיצוב הנשק.
