מורפוגנזה
כפי שצוין קודם לכן, מורפוגנזה מתייחסת לכל אותם תהליכים שבאמצעותם חלקים במערכת מתפתחת מקבלים צורה מוגדרת או לתפוס עמדות יחסית ספציפיות במרחב. אפשר לראות בו ארכיטקטורה של התפתחות. תהליכים מורפוגנטיים כוללים תנועה של חלקים מהמערכת המתפתחת ממקום למקום בחלל, ולכן הם כרוכים בפעולה של כוחות פיזיים, בניגוד לתהליכי בידול (ראו בהמשך), הדורשים פעולות כימיות בלבד. למרות שבפועל התהליכים הפיזיים והכימיים של ההתפתחות בדרך כלל מתנהלים בקשר הדוק, לצורך הדיון לרוב נוח לעשות הפרדה מלאכותית ביניהם.
קיים מגוון עצום של סוגים שונים של מבנים בתוך אורגניזמים חיים. הם מופיעים בכל רמות הגודל, החל מגזע הפיל ועד האברונים שבתא, הנראים רק במיקרוסקופ האלקטרוני. עדיין אין סיווג משביע רצון של מגוון התהליכים הגדול שבאמצעותו מובאים מבנים אלה. הפסקאות הבאות מהוות קטגוריה מהוססת שנראית מתאימה למצב הנוכחי של המחשבה הביולוגית בנושא זה.
מורפוגנזה על ידי צמיחה דיפרנציאלית
לאחר התחלתם, האיברים והאזורים השונים של האורגניזם עשויים לגדול בגודל בקצב שונה. תהליכים כאלה של צמיחה דיפרנציאלית ישנו את הצורה הכללית של הגוף בו הם מתרחשים. תהליכים מסוג זה מתרחשים לעיתים קרובות מאוד אצל בעלי חיים, במיוחד בשלבי ההתפתחות המאוחרים. הם בעלי חשיבות עיקרית במורפוגנזה של צמחים, כאשר צורתם הכוללת של הצמח, צורת העלים האישיים וכן הלאה, תלויה בעיקר בשיעורי הגידול של אלמנטים רכיבים כגון הגבעולים, הקלעים לרוחב, חומר וריד ומתערבבים בעלים. אצל בעלי חיים וצמחים כאחד, תהליכי צמיחה כאלה מושפעים מאוד ממגוון ההורמונים. יתכן שגורמים פנימיים לתאים בודדים תמיד ממלאים תפקיד.
למרות שצמיחה דיפרנציאלית עשויה לחולל שינויים בולטים בצורתם הכללית של אורגניזמים, מן הסתם יש לראות בהשפעות אלה כשטחיות במקצת, מכיוון שהן רק משנות דפוס בסיסי שנקבע על ידי תהליכים אחרים. בצמח, למשל, הדפוס היסודי נקבע על ידי סידור הניצנים הרוחביים סביב גזע הגידול המרכזי; אם ניצנים אלה צומחים מהר או לאט ביחס לגבעול זה עניין משני, עם זאת, תוצאותיה עשויות להיות.
