בתולדות הדגל של קנזס הובחנה הבחנה יוצאת דופן בין מה שמכונה "דגל המדינה" לבין "דגל המדינה". כרזת מדינה אומצה לראשונה ב- 27 בפברואר 1925, המורכבת משמה של המדינה שנכתב מעל חותם המדינה והוצבה על רקע כחול. החותם הוסגר על ידי חמנית, שאומצה בשנת 1903 כסמל הפרחים הפרטי. ב- 30 ביוני 1953 פשט את דגל המדינה מאוד; לאחר מכן היה כחול עם פריחת חמניות גדולה, כולל מרכז חום ועלי כותרת מזהב. אף אחד משני הבאנרים הללו לא נעשה שימוש נרחב.
דגל המדינה שאומץ ב- 23 במרץ 1927, ייצג בדרך כלל את המדינה בהזדמנויות רשמיות. הוא הראה את חותם המדינה ללא הכתובות בשוליו החיצוניים; למעלה היה פסגה של קנזס כפי ששימש את המשמר הלאומי שלה - חמנית נטורליסטית מעל זרקור הראלדי (זר) של צהוב וכחול. התלונות הועלו על כך שהדגל הזה היה כה קרוב בתכנון לאלו של מדינות רבות אחרות, עד שלא ניתן היה לזהות אותו בקלות. וכך בשנת 1961 נוספה שם המדינה מתחת לחותם באותיות גדולות וזהובות. בוצעו גם שינויים בעיצוב החותם. בשנת 1985 הוחלט כי בבקתה של בית המגורים בחותם אין עוד עשן שנשפך מארובהו ועדר הביזון צריך לכלול חמש בעלי חיים בדיוק. החותם, משנת 1861, מורכב מאוד לייצור אם הוא מיוצר בהתאם לתקנות.
