ישנם שני מקורות לצבעים לבן-כחול-אדום של דגל הלאום הסלובני. על דגלה הלאומי הלאומי אימצה סלובניה עותק של הדגל הרוסי, כדי להפגין הזדהות עם עמיהם הסלאבים, בזמן מלחמות נפוליאון. אולם מוקדם יותר, הקיסר הרומי הקדוש העניק מעיל נשק ל"ארץ הכתר של קרניולה ", שהיה אז חלק מהאימפריה. מעיל הנשק הזה הציג מגן לבן ועליו נשר כחול עם סהר משובץ אדום-לבן על שדו. מעיל נשק חשוב נוסף בהיסטוריה של סלובניה היה זה ששימש את מחוז סלג'ה - מגן כחול עם שלושה כוכבים צהובים. לבסוף, תחת המשטר הקומוניסטי של המאה ה -20, היה לזרוע סלובניה קווים אופקיים גלים כחולים-לבן שמרמזים על החוף האדריאטי של המדינה, וכן הר מסוגנן בעל שלוש פסגות - הגבוה בסלובניה, טריגלב המפורסם.
סלובניה הכריזה על עצמאותה ב- 25 ביוני 1991, אך נאלצה להילחם נגד צבא יוגוסלביה בכדי לבסס את ריבונותו. הדגל שהונפק ביום העצמאות היה הטריקולור הפאן-סלאבי הלבן-כחול-אדום המסורתי. כדי להבדיל אותו מהדגלים הדומים של רוסיה וסלובקיה, התווסף מעיל הנשק החדש של סלובניה בפינת ההניף העליונה החופפת את הפסים הלבנים והכחולים. מגן זה כולל שילוב של פסים טריגלב וגלי הזרוע הקומוניסטית עם הכוכבים הצהובים על רקע כחול ממגן Celje.
