סיישל, לשעבר מושבה בריטית, נעשתה עצמאית ב- 29 ביוני 1976. הדגל שהונף באותה תקופה היה בעל משולשים לסירוגין כחול ואדום, מופרדים על ידי צלב אלכסוני לבן. אולי לא במקרה, דגל זה היה כמעט זהה לזה ששימש את חברת ניווט הקיטור האוסטרלית באוסטרליה, שספינותיה ביקרו באיים באופן קבוע בראשית המאה העשרים. הדגל לא נמשך זמן רב: מהפכה התרחשה ב- 5 ביוני 1977, תחת הנהגת המפלגה המאוחדת של אנשי סיישל (SPUP). לדגל החדש היו פסים אופקיים אדום-על-ירוק, המופרדים על ידי רצועה לבנה גלי, זהה לדגל ה- SPUP למעט השמטת שמש צהובה במרכז.
בשנת 1993 לחץ מצד מעצמות זרות הביא לדמוקרטיזציה של הממשלה. מפלגת השלטון איבדה את המונופול שלה בבחירות, והשתתפות מפלגות אחרות בממשלה הביאה לדרישה לדגל לאומי פחות פרטיזני. הפרלמנט אישר עיצוב הכולל צבעי מפלגות שונות בדגל שהונף ב- 18 ביוני 1996. צבעי הדגל הם כחולים (לשמים וים), צהוב (לשמש נותנת חיים), אדום (עבור אנשים ופועלם למען אחדות ואהבה), לבן (למען צדק חברתי והרמוניה), וירוק (למען האדמה והסביבה הטבעית).
