העצמאות למרכז אמריקה הוכרזה לראשונה ב- 15 בספטמבר 1821, אולם מקסיקו הכניסה את האזור לשנתיים. דגל המחוזות המאוחדים העצמאים של מרכז אמריקה, שאומץ לאחרונה ב- 21 באוגוסט 1823, והיה מורכב מפסים כחולים-לבנים-כחולים עם מעיל הנשק הלאומי במרכז. הזרועות הללו כללו בעצם אותם אלמנטים עיצוביים שניקרגואה משתמשת בה כיום. גם לאחר שחמש המדינות החברות בפדרציה הפכו למדינות עצמאיות, ניקרגואה המשיכה להניף את הדגל הישן. לבסוף, בשנת 1854, נבחר טריקולור אופקי חדש של ניקרגואה של ארגמן צהוב-לבן, אך הוא לא טס לאורך זמן. לאחר מכן, מלחמת אזרחים והתערבות של פיליבסטרים מצפון אמריקה (הרפתקנים צבאיים) הביאו למספר דגלים שהוחלפו והוחלפו במהירות.
בשנת 1908 אומץ דגל הפדרציה הישן כנושא הלאומי של ניקרגואה, עם שינויים מתאימים במעיל הנשק. התכנון הבסיסי הזה, עם שינויים נוספים בעילוי הנשק, אושר מחדש על ידי החוק מיום 27 באוגוסט 1971, אם כי הדביקים בצבע אדום-שחור אופקי של תנועת סנדיניסטה היה בפועל דגל לאומי משני בשנות שלטון סנדיניסטה (1979) –90). מעיל הנשק על הדגל כולל משולש לשוויון, כובע חירות לחופש וחמישה הרי געש בין שני אוקיינוסים, סמלי של חמש המדינות המקוריות במרכז אמריקה שבין האגן האטלנטי לאוקיאנוס השקט.
