כאשר עלו הסובייטים לשלטון במערב טורקסטן, והבטיחו שוויון והתפתחות לכל הקבוצות האתניות, השיגו אנשי הקירגיז אזור אוטונומי משלהם בשנת 1924. בשנת 1926 הוא הועלה למעמד של רפובליקה אוטונומית, ובשנת 1936 הוא הפך לאיחוד הרפובליקה בתוך ברית המועצות בשנת 1953 אימצה ה- SSR של קירגיז גרסה שונה של הכרז האדום הסובייטי על ידי הוספת פס אופקי כחול לבן גבול במרכזו. לאחר שקירגיזסטן הכריזה על עצמאותה ב- 31 באוגוסט 1991, היא המשיכה להשתמש בדגל הסובייטי עד 3 במרץ 1992.
הרקע של הדגל החדש, המשמש עד היום גם הוא אדום, אך נאמר כי הדבר נובע מדגל שנשא הגיבור הלאומי הקירגיזי, מנאס הנובל. במרכז הדגל שמש צהובה עם 40 קרניים, המתאימות לחסידיו של מאנאש והשבטים שהוא איחד; התכונות הסמליות הנוספות שלה הן אור, אצילות ונצחיות. על השמש ההיא מונח סמל אדום-צהוב עם שתי סטים חוצים של שלושה קווים כל אחד, כולם בתוך טבעת. זהו נוף מסוגנן של גג הבית הקירגיזי המסורתי, היורט. מעטים הקירגיזים חיים עדיין בחצרות, אך עד אמצע המאה העשרים, רוב האנשים הנוודים הקימו חצרות בכל מקום בו נסעו. המשמעות הסמלית של עיצוב זה מורחבת: חוק הדגלים מדבר על מקור החיים, אחדות הזמן והמרחב, ההיסטוריה של אנשי קירגיז, סולידריות, האח והבית.
