המפלגה האפריקאית לעצמאות גיניאה וכף ורדה (PAIGC) מצאה תמיכה מוכנה באותן מושבות פורטוגזיות למסר שלה על התקדמות חברתית וכלכלית באמצעות מהפכה פוליטית. בשנת 1961 היא אימצה דגל דומה במקצת לאלה של המדינות העצמאיות השכנות בגינאה ובגאנה, אשר דנו אז בפדרציה עתידית של ארצות מערב אפריקה. לתנועת השחרור לגינאה-ביסאו הוסיפה כוכב שחור על פס ההניף לכדי אדום-צהוב-ירוק פאן-אפריקני. פס וכוכב זה תואמים גיאוגרפית לאזור החוף המערבי עם עיר הבירה שלה, ביסאו (ממנה נגזר השם הלאומי). הפסים האופקיים בחלק הנותר של הדגל וצבעיהם הצהובים והירוקים תואמים בערך את הסוואנות של הצפון ויערות הדרום.
רשמית אמרו כי הכוכב השחור הוא סמל למנהיגות PAIGC, כאשר צבעו מתייחס לעם האפריקני ונחישותו לחיות בכבוד, בחופש ובשלום. צהוב התפרש כסמל קציר ופירות העבודה, גם בחקלאות וגם אחרת. גרין נזכר בג'ונגלים העצומים ובאדמות החקלאיות, שהעניקו פרנסה לרוב המוחלט של האזרחים. דגל המפלגה שילב גם את ראשי התיבות PAIGC, שהושמט עם הכרזת העצמאות ב- 24 בספטמבר 1973. פורטוגל לא הכירה בגינאה-ביסאו או בדגלו עד לאחר המהפכה שלה בשנת 1974; עם זאת, חלק גדול מגינאה-ביסאו כבר היה תחת שליטת ה- PAIGC ודגלו. קייפ ורדה נטשה בסופו של דבר את הפוליטיקה המרקסיסטית של ה- PAIGC ושינתה את דגלה הלאומי, אך גינאה-ביסאו שומרת על העיצוב המקורי.
