בוסניה, עם אוכלוסייתה האתנית המעורבת, מעולם לא פיתחה סמלים לאומיים ייחודיים משל עצמה. תחת יוגוסלביה בהנהגת הקומוניזם בשנים 1946 עד 1991-1992, למשל, הרפובליקה הסוציאליסטית של בוסניה והרצגובינה פשוט השתמשה באנר אדום עם גרסה קטנה של דגל הלאום היוגוסלבי בקנטון. בזמן שהוכרזה על העצמאות ב- 3 במרץ 1992, לא היה שום דגל שהיה מקובל על הבוסנים, הסרבים והקרואטים במדינה. לכן אימצה הממשלה הנשלטת בבוסניה את מה שהיא קיוותה שיהיה סמל ניטרלי מהעבר הרחוק. היא בחרה במעיל הנשק ששימש את המלך סטיפאן תומאש (שלט 1443–61), אותו ייחס לגדול השליט הבוסני בימי הביניים, טרטקו הראשון (1377–91). המגן הכחול הזה עם פס אלכסוני לבן המפריד בין שישה פלורס-דה-ליס מוזהבים הונח במרכז דגל לבן. העיבוד האמנותי, שאומץ רשמית ב- 4 במאי 1992, נוצר על ידי זבונימיר בבק.
דגל זה נדחה על ידי קרואטים וסרבים רבים כאשר האומה החליקה למלחמת אזרחים. הסכמי שלום שנחתמו בדייטון, אוהיו, ארה"ב, בסוף 1995 הכירו בחלוקת המדינה בין הרפובליקה הסרבית לבין הפדרציה של בוסניה והרצגובינה, המכונה לעתים קרובות הפדרציה הקרואטית-מוסלמית. לכל מדינה היו סמלים משלה, והקרואטים המשיכו להשתמש בדגל קרואטיה בעדיפות דגל הפדרציה, אך דגל הרפובליקה משנת 1992 הוכר עדיין בינלאומי.
הסכמי 1995 קראו ליצור בסופו של דבר דגל שיחליף את עיצוב 1992, אך המחוקק הלאומי לא היה יעיל בעניין זה. כך הקימו האו"ם דגל חדש (4 בפברואר 1998) שלא ניתן היה לקשר באופן סמלי לקבוצה אתנית, דתית או פוליטית אחת.
