הכנסייה הקופטית האורתודוכסית של אלכסנדריה, המכונה גם הכנסייה הקופטית האורתודוכסית, הכנסייה האורתודוכסית המזרחית והכנסייה הנוצרית הראשית במצרים המוסלמית בעיקר. תושבי מצרים לפני הכיבוש הערבי במאה ה- 7 זיהו את עצמם ואת שפתם ביוונית כאיגיפטיוס (ערבית qibṭ, מערבית כקופטית). כאשר מאוחר יותר חדלו המוסלמים המצריים לקרוא לעצמם אגיגיפיו, המונח הפך לשמו הייחודי של המיעוט הנוצרי. במאות ה- 19 וה -20 החלו לקרוא לעצמם אורתודוקסים קופטים במטרה להבדיל את עצמם בין קופטים שהתאסלמו לרומית-קתוליזם (ראו גם הכנסייה הקופטית הקתולית) וגם מהמזרח האורתודוקסי שהם ברובם יוונים (ראו גם הפטריארכיה היוונית האורתודוכסית של אלכסנדריה).
במאות הרביעית והחמישית נוצר קונפליקט תיאולוגי בין הקופטים לרומאים דוברי היוונית, או המלציטים, במצרים. מועצת צ'לקדון (451) דחתה את הדוקטרינה המונופיסיטית - האמונה שישוע המשיח בעל אופי אלוהי בלבד, ולא אנושי - ואישרה הן את האלוהות שלו והן את האנושיות שלו. המלכיטים הכירו בתוצאות של שלדון. אולם הכנסיה הקופטית הפכה לאחת מכמה הכנסיות המזרחיות שדחו את השפה הקריסטולוגית על שני טבעותיו של ישו שהוסכמו בהן בשלדסון. עם זאת, בעוד שהכנסיות הרומית-קתולית והמזרחית האורתודוכסית הוקיעו את הכנסיות המזרחיות הללו ככופרים מונופיזיטים, הכנסייה הקופטית ושאר הכנסיות הקדומות-שלדוניות או (מאז המאה ה -20) כינסו כנסיות אורתודוכסיות מזרחיות עמדה תיאולוגית המכונה המיפיזיטיות. בהודאת אמירתו של סיינט סייריל מאלכסנדריה (375–444) והכריזה על "טבעו הגלגול האחד של דבר" של אלוהים, הצהירו המיפיזיטים כי גם האנושיות וגם האלוהות של ישו היו נוכחים באותה מידה דרך הגלגול באופי אחד יחיד (ומכאן קידומת יוונית מיה, "זהה") כמו שהמילה עשתה בשר. במקום להכחיש את אנושיותו של כריסטוס, כפי שהואשמו בכך, העניקו הכנסיות הקופטיות והמיאפיזיות האחרות גם נוכחותו וגם האלוהות שלו נוכחות שווה באדם של ישו.
לאחר כיבוש מצרים הערבי במאה ה -7, הקופטים חדלו מדברים יוונית, ומחסום השפה הוסיף למחלוקת. ניסיונות פשרה שונים של הקיסרים הביזנטיים לא הגיעו לכלום. מאוחר יותר, הח'ליפים הערבים, אף שהם נטו להעדיף את מי שאימצו את האיסלאם, לא התערבו הרבה בענייני הפנים של הכנסייה. הג'יזיה, המס המוטל על לא-מוסלמים החיים במדינה אסלאמית, בוטל במאה ה -18.
ערבית משמשת כיום בשירותי הכנסייה האורתודוכסית הקופטית לשיעורי המקרא ולרבים מהמזמורים המשתנים; רק נמנעים מקצרים מסוימים שאנשים חסידי הכנסייה כולם מבינים אינם בערבית. ספרי השירות, המשתמשים בליטורגיות המיוחסות לסנט מארק, סייריל הקדוש מאלכסנדריה וגרגוריוס הקדוש מנאזיאנוס, נכתבים בקופטית (הניב הבוהירי של אלכסנדריה), כאשר הטקסט הערבי נמצא בטורים מקבילים.
הכנסייה הקופטית האורתודוכסית פיתחה מערכת שלטון דמוקרטית אחרי שנות ה90-90. הפטריארך ו -12 הבישופים הדיוקוניים, בסיוע מועצות קהילתיות בהן מיוצגת הנאות היטב, מסדירים את כספי הכנסיות ובתי הספר ואת ניהול הכללים הנוגעים לנישואין, ירושה, ועוד עניינים בעלי מעמד אישי. כשהפטריארך נפטר, מכללת בחירות, בעיקר דיוטות, בוחרת שלושה נזירים מוסמכים כדין לפחות בגיל 50 שנים כמועמדים למשרד הפטריארך. מבין השלושה הללו הבחירה הסופית נעשית בהרבה לאחר התפילה.
הבישוף הבכיר ביותר הוא הפטריארך של אלכסנדריה, השוכן בקהיר; הוא נקרא האפיפיור וטוען לסמכות אפוסטולית על משרדו מסנט מארק. לכנסייה בתי ספר יסודיים ותיכוניים משלה במקומות רבים במצרים, כמו גם תנועה חזקה של בית ספר ראשון לחינוך דתי של ילדים שאינם יכולים ללכת לבתי ספר קופטים. יש בקהיר מכון ללימודים קופטיים, מכללה תיאולוגית הקשורה למכון, ומוזיאון קופטי; הוראת הכנסייה האורתודוקסית הקופטית אף הפכה לבסיס לתכנית הלימודים המשמשת בהוראה הדתית של ילדים נוצרים בבתי ספר ממשלתיים.
ישנן כנסיות קופטיות אורתודוכסיות בירושלים ובאזורים אחרים בארץ הקודש, שנבנו במאות ה -19 וה -20, וכן בישופית קופטית בחרטום, סודן. לכנסייה יש נוכחות קטנה גם בצפון אמריקה, אוסטרליה ובריטניה. הכנסיות האתיופיות, הארמניות והסוריות הן כל הכנסיות האורתודוכסיות המזרחיות בשיתוף הכנסייה הקופטית. הכנסיות האורתודוכסיות המזרחיות נחשבו לכפירות במשך מאות שנים על ידי הכנסיות הרומית-קתוליות והמזרחיות האורתודוכסיות. אולם מאז סוף המאה העשרים הכנסייה הקופטית, כמו כנסיות אורתודוכסיות מזרחיות אחרות, ניהלה דיאלוג עם שתיהן, תוך שהיא פותרת מחלוקות תיאולוגיות רבות ומגייסת את ההכרה כדוקטרינרית במיינסטרים של הנצרות האורתודוכסית.
