הכנסייה המתוודה, בקננדה קירשה הגרמניתתנועה להחייאת הכנסיות הפרוטסטנטיות הגרמניות שהתפתחו בשנות השלושים מהתנגדותן לניסיונו של אדולף היטלר להפוך את הכנסיות לכלי תעמולה ופוליטיקה לאומית סוציאליסטית (נאצית). המסורת הפרוטסטנטית הגרמנית של שיתוף פעולה הדוק בין הכנסייה והמדינה, כמו גם לא לאהוד מהרפובליקה של וויימר ששלטה בגרמניה לאחר מלחמת העולם הראשונה, גרמה תחילה לכנסיות לנקוט גישה חיובית כלפי היטלר. אולם מפלגת הכנסייה של היטלר, הנוצרים הגרמנים, השיגה שליטה על הכנסייה האוונגלית הגרמנית, פדרציה שהוקמה בשנת 1933 של כנסיות לותרניות, רפורמיות, ומאוחדות. לודוויג מולר, שנתמך על ידי הנאצים, נבחר לרייכסבישוף ("הבישוף הקיסרי") ואיים על עמדתם הסמכותית של כתבי הקודש והכתבים הווידויים של הרפורמציה על ידי סובלנות הדוקטרינה הנאצית על עליונותם הגזעית של מה שמכונה הארים.
בניגוד לנוצרים הגרמנים, התנועה הצעירה הרפורמצית הוקמה בתוך הכנסיות בהנהגתם של האנס ליליה, מרטין ניימולר ואחרים. בנובמבר 1933 ייסד ניימולר את ליגת החירום של הכמרים שהתנגדו לתוכניות הנוצרים הגרמנים. סינוד ברמן נערך במאי 1934, וההכרזה התיאולוגית שלו הפכה את התנועה ההגנתית נגד שליטת הנאצים בכנסיות לתחייה מאורגנת, במיוחד במקום בו כנסיות טריטוריאליות גרמניות היו נתונים למינהל הנאצי.
בסוף 1934, בסינוד השני של הכנסייה הודה בדמל, הכריזה הכנסייה על חוק החירום שלה: הכנסייה האמיתית בגרמניה הייתה זו שקיבלה את הצהרת ברמן, ושם הנהגת הכנסייה כבר לא הייתה נאמנה לווידוי האמיתי. שרים וקהילות היו אמורים למלא אחר הוראות הכנסייה המתוודה. כך, בפועל, התפתחו בגרמניה שתי כנסיות פרוטסטנטיות: זו הנמצאת בשליטת המדינה והכנסייה המתוודה, שהמדינה לא הכירה בה. הכנסייה המתוודה, יחד עם כנסיות בוואריה, וירטמברג והנובר (שנשארו בלתי תלויות בשלטון הנאצי), הקימו את ממשלתה הזמנית של הכנסייה האוונגלית הגרמנית.
בשנת 1936 הבדלים פנימיים וויודיים ופוליטיים הובילו את הכנסיות הטריטוריאליות הלותרניות להקים את מועצת הכנסייה הלותרנית האוונגלית בגרמניה ובכך נשחקה באחדות הכנסייה המתוודה. החלקים הרפורמטיים והמאוחדים של הכנסייה המתוודה נותרו פעילים במיוחד במחאה נגד המתת חסד ורדיפות היהודים. הלחץ הנאצי הוגבר בהדרגה, והולך וגובר כי הכנסייה המודה נאלצה להתחתן. בשנת 1937 נעצר ניימלר ואנשי כמורה אחרים. לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה בשנת 1939 המשיכה הכנסייה המתוודה, אם כי היא נכה ברצינות על ידי גיוס הכמורה והזדלות. בשנת 1948 זה חדל להתקיים כאשר הכנסיות הטריטוריאליות הקימו את הכנסייה האוונגליסטית המארגנת מחדש בגרמניה.
