כארכיבישוף
כמעט שנה לאחר מותו של תיאובלד, המראה של קנטרברי היה פנוי. תומאס היה מודע לכוונתו של המלך וניסה להניא אותו על ידי אזהרות על מה שיקרה. הנרי התמיד ותומאס נבחר. לאחר שנחנך, שינה תומאס גם את השקפתו וגם את אורח חייו. הוא נעשה אדוק וחסד וחיבק את התוכנית האינטגרלית של האפיפיורות וחוק הקאנון שלה. השינוי המרהיב הזה העמיק את ההיסטוריונים, וניסיונות רבים נעשו: שתומאס היה משכר מהשאיפה שלו לשלוט או שהוא זרק את עצמו, כמו קודם, לתפקיד שהוא הסכים למלא. פשוט יותר להניח שהוא קיבל סוף סוף את החובות הרוחניות שהתעלם ממנו כקאנצלר והפך לערוץ חדש את האנרגיה המעורבבת שלו, כוח האופי, הזרזנות וההימנעות. למורת רוחו של הנרי, הוא התפטר מייד מהקנצלרית אך דבק בארכיאולוגיה עד שנאלץ על ידי המלך להתפטר.
הנרי שהה בנורמנדי מאז אוגוסט 1158, ובשובו בינואר 1163 החל תומאס במאבק בהתנגדות להצעת מס והוצאתה להורג של ברון מוביל. יחסו החמור יותר היה בנושא "פקידים עבריינים". במערב אירופה, אנשי דת נאשמים במשך זמן רב נהנו מהפריבילגיה לעמוד לדין בפני הבישוף ולא מבתי משפט חילוניים וקיבלו בדרך כלל עונשים קלים יותר מכפי שערכנו בתי משפט. באנגליה לפני כיבוש נורמן זה עדיין היה המנהג. אם יימצאו אשמים בבית משפט כנסייתי, אנשי דת יכולים להיות מושפלים או לגלותם, אך הם לא היו עשויים למוות או להטלת מום. במשך 60 שנה אחרי הכיבוש הנורמני, מעט מאוד נשמע על פשע דת או עונשו, ואילו ביבשת הרפורמים הגרגוריאנים נטו להדגיש את זכותה היחידה של הכנסייה לנסות להעניש פקידים בצווים גדולים. עמדתו של תומאס, לפיה פקיד אשם יכול להיות מושפל ונענש על ידי הבישוף, אך אין להעניש אותו שוב על ידי סמכות שכיחה - "לא פעמיים על אותה תקלה" - הייתה ניתנת לוויכוח קנוני ובסופו של דבר גברה. טענתו של הנרי כי פשע דתיים היה נפוץ וכי הוא עודד על ידי היעדרם של עונשים דרסטיים, משבח את עצמו לקוראים המודרניים כאדם הוגן. אך יש לזכור שמניעיו של המלך היו סמכותיים ומינהליים ולא נאורים. אף על פי כן, ניתן לחשוב שתומאס לא התייעץ בדעתו הנוקשה בנקודה זו.
הנושא הצטרף למועצה בווסטמינסטר (אוקטובר 1163), אך המשבר הגיע בקלרנדון (ווילטשייר, ינואר 1164), כאשר המלך דרש הסכמה עולמית לכל זכויות המלוכה המסורתיות, צומצם לכתיבה תחת 16 ראשים ונודע בכינויו חוקה של קלרנדון. אלה קבעו את זכותו של המלך להעניש פקידים עברייניים, אסרו על העברת פקידי מלוכה ופניות לרומא, והעניקו למלך הכנסות ממראות פנויים וכוח להשפיע על בחירות אפיסופליות. הנרי היה מוצדק באומרו כי זכויות אלה מומשו על ידי הנרי הראשון, אך תומאס גם היה מוצדק בכך שהוא נוגד את חוק הכנסייה. תומאס, לאחר שקיבל מילולית את חוקות קלרנדון, ביטל את הסכמתו ופנה לאפיפיור, אז בצרפת, שתמך בו תוך ביטול פעולת המשקעים.
ריב עם הנרי
היחסים הטובים בין תומאס והנרי הסתיימו כעת. הארכיבישוף זומן למשפט על ידי המלך בנקודה של חובה פיאודלית. במועצת נורת'המפטון (6–13 באוקטובר 1164) היה ברור שהנרי התכוון להרוס ולכלוא או לכפות את התפטרותו של הארכיבישוף. בכך עודד אותו כמה מהבישופים, ביניהם גילברט פוליוט, הבישוף של לונדון. תומאס נמלט בתחפושת וחיפש מקלט אצל לואי השביעי מצרפת. האפיפיור אלכסנדר השלישי קיבל אותו בכבוד אך היסס לפעול בנחישות לטובתו מחשש שהוא עלול לזרוק את הנרי לזרועותיו של הקיסר הרומי הקדוש פרדריק הראשון ואנטיפופ שלו, פצ'ל השלישי.
גלותו של תומאס נמשכה שש שנים (2 בנובמבר 1164 - 2 בדצמבר 1170). אליו הצטרפו רבים מבני משפחתו הנכבדים וחיו באופן אצטטי, תחילה במנזר פונטיני ואחר כך, כאשר הנרי איים על הנזירים, במנזר סמוך לסנס. אנרי תפס בינתיים את נכסי הארכיבישוף ותומכיו וגילה את כל קרוביו של תומאס קרובי משפחה. בשנים שלאחר מכן נעשו כמה ניסיונות הפלה לפיוס, אך מעשי עוינות חדשים של המלך והצהרות הסרת הרחקה שהושלכו על ידי תומאס על מתנגדיו הרגישו את המאבקים.
הבישופים היו חלוקים, אך רובם, בהנהגתו של פוליוט, היו עוינים לתומאס או היססו לתמוך בו. אגדות האפיפיור לא אחת התאמצו לתווך, והמלך והארכיבישוף התכנסו במונטמיריל בשנת 1169, רק כדי להיפרד מכעס. תומאס לא האמין במלך והיה, בתורו, שנוא על ידו. באותה שנה הוציא הנרי תוספות לחוקות קלרנדון, ובכך כמעט הוציא את אנגליה מצייתנות האפיפיור. לבסוף, בשנת 1170, הוכרז את בנו הבכור כמלך משותף על ידי הארכיבישוף יורק, יריבו הוותיק של בקט.
זו הייתה הפרה בוטה של איסור האפיפיור וזכות הזכרון הקדומה של קנטרברי להכתיר את המלך. תומאס, ואחריו האפיפיור, שיגר את כל האחראים. הנרי, שחשש מאינטרדיקט לאנגליה, פגש את תומאס בפיטל (22 ביולי), והוסכם כי תומאס צריך לחזור לקנטרברי ולקבל בחזרה את כל רכוש מראהו. אף אחד מהצדדים לא פרש מעמדתו בנוגע לחוקות קלרנדון, אשר בהזדמנות זו לא הוזכרו. קונקורדט "פתוח" זה נותר אירוע בלתי מוסבר. תומאס חזר לקנטרברי (2 בדצמבר) והתקבל בהתלהבות, אך עיקול נוסף של משרדי המלוכה העוינים, סירוב להרים את שיגורם של רוג'ר מיורק ופוליוט, וקבלת הסכמתו המוכנה לתהודה סוערת בקרב ההמונים עוררו את הנרי בנורמנדי.
