Rootkit, סוג של תוכנה זדונית, או תוכנה זדונית, המדביקה את "רמת השורש" של הכונן הקשיח של המחשב, מה שמאפשר להסיר אותה מבלי למחוק את הכונן לחלוטין. בדרך כלל, מחשב אישי (PC) נדבק בערכת שורש כאשר הבעלים מתקין תוכנה שהושגה דרך האינטרנט, במיוחד תוכנה המוגנת בזכויות יוצרים שהופצה באופן לא חוקי. מחשבים נגועים משמשים לרוב על ידי פושעי רשת להפצת דואר זבל ופורנוגרפיה.
במאמצים לבלום הפרת זכויות יוצרים, או פירטיות, חלק מיצרני תוכנות מחשבים וחברות מוזיקה מתקינים בסתר תוכנות גילוי על מכונות המשתמשים. לדוגמא, נחשף בשנת 2005 כי חברת סוני התקינה בחשאי ערכות שורש כאשר התקליטורים הקומפקטיים שלה (CD) הועמסו למחשבים אישיים. ערכת השורש התגלתה בגלל האופן בו היא אספה מידע על מחשבי המחשב של המשתמשים ושלחה את הנתונים חזרה לסוני. הגילוי הפך לאסון יחסי ציבור, שאילץ את החברה לנטוש את הנוהג. ניטור נתוני המשתמשים, עם או בלי התקנת ערכות root, נמשך בענף התוכנה.
