מיכאל היידן, במלואו יוהן מייקל היידן, (הוטבל ב 14- בספטמבר 1737, רוהראו, אוסטריה - נפטר ב- 10 באוגוסט 1806, זלצבורג), אחד המלחינים המוצלחים ביותר של מוזיקת הכנסייה במאה ה -18 המאוחרת. הוא היה אחיו הצעיר של ג'וזף היידן.
בדומה לאחיו, מייקל היידן הפך לנער מקהלה בקתדרלת סנט סטיבן סנט בווינה, וקיבל שם את ההדרכה המוסיקלית המוקדמת שלו. הוא פוטר מבית הספר למקהלה כשקולו נשבר, ואז התפרנס ברעה כמוזיקאי פרילנסר. בשנת 1757 הפך לקפלמייסטר לבישוף גרוסוורדיין בהונגריה (כיום אורדיאה, רומא), ובשנת 1762 הפך למנהל הקונצרטים לארכיבישוף זלצבורג. הוא נשאר בזלצבורג כמנהל קונצרטים עד סוף ימיו והצליח את וולפגנג אמדאוס מוצרט כאורגן הקתדרלה בשנת 1781.
במהלך חייו מייקל היידן נחשב למלחין טוב יותר של מוזיקת הכנסייה מאשר אחיו. מבין ההמונים הרבים שכתב, Missa a cori due (הידוע גם בשם Missa Hispanica; 1786) הוא יצירה יוצאת מן הכלל לתזמורות ולסולנים ווקאליים, והרקוויאם שלו משנת 1771 השפיע על הרקוויאם המפורסם של מוצרט משנת 1791. היידן כתב גם סימפוניות רבות, הסתר. יצירות חילוניות אחרות. הוא היה חבר אינטימי של מוצרט (שכתב את הצמדים לכינור-ויולה שלו כדי למלא ועדה שהיידן היה חולה מכדי להשלים) והיה מורה של קרל מריה פון ובר. לאחר מותו, המוניטין של היידן ספג ליקוי חמה ארוך, ורק לאחר מלחמת העולם השנייה הוכרה שוב בזכותו.
