שנים מאוחרות יותר
ככופר כופר וציבורי מוצהר, נאלץ לותר להישאר מחוץ למאבק הפוליטי והדתי על אכיפתו של צו התולעים. שליטים סימפטטיים ומועצות עיריות הפכו לגיבורים למען מטרתו של לותר וסיבת הרפורמה. כשארל החמישי כינס דיאטה להיפגש באוגסבורג בשנת 1530 כדי לטפל בסוגיות דתיות בלתי פתורות, לותר עצמו לא יכול היה להיות נוכח, אם כי הוא הצליח לנסוע עד דרומה כמו קובורג - עדיין כמאה קילומטר צפונית לאוגסבורג - כדי לעקוב אחר ההתפתחויות בדיאטה.. באוגסבורג נפל עמיתו של וייטנברג הצעיר של לותר, פיליפ מלנשטון, לייצג את הפרוטסטנטים. סיכוםו של מלנשטון על אמונות הרפורמים, הווידוי באוגסבורג, הפך במהרה למסמך התיאולוגי המנחה את המסורת הלותרנית המתעוררת.
תפקידו של לותר ברפורמציה לאחר 1525 היה זה של התיאולוג, היועץ והמנחה, אך לא זה של איש פעולה. בהתאם לכך, לביוגרפיות של לותר יש נטייה לסיים את סיפורם בנישואיו בשנת 1525. דיווחים כאלה משמיטים באומץ את 20 השנים האחרונות לחייו, שבמהלכם קרה הרבה. הבעיה היא לא רק שהסיבה לכנסיות הפרוטסטנטיות החדשות שלותר סייעו להקים נמשכה למעשה ללא מעורבותו הישירה, אלא גם שהלותר של השנים המאוחרות הללו נראה פחות מושך, פחות נאה, פחות מושך מאשר לותר הקודם התנגד מול קיסר ואימפריה בווורמס. שוב ושוב נמשך למחלוקות עזות בעשור האחרון לחייו, לותר מופיע כדמות אחרת - בלתי ניתנת לבלתי מעורערת, דוגמטית וחסרת ביטחון. נימתו נעשתה נוקשה ומצומצמת, בין בהערות על האנאפטיסטים, על האפיפיור או על היהודים. בכל מקרה, הצהרותיו היו ארסיות: יש לתלות את האנאפטיסטים בתור מרגיזציה, האפיפיור היה האנטיכריסט, יש לגרש את היהודים ולשרוף את בתי הכנסת שלהם. אלה לא היו כמעט מילים איראניות מאת שר הבשורה, ואף אחת מההסברים שהוצעו - בריאותו המידרדרת וכאביו הכרוניים, ציפייתו לסוף העולם הקרוב, אכזבתו העמוקה מכישלון הרפורמה הדתית האמיתית - נראה משביע רצון.
בשנת 1539 הסתבך לותר בשערוריה סביב ביגמיה של פיליפ, קבר האדמה של הסן. כמו הרבה ראשים מוכתרים אחרים, פיליפ התגורר בנישואים שנערכו באופן שושלתי עם אשה שלא הייתה לו חיבה. עם זאת, מעורבות במערכות יחסים מחוץ לנישואים הפריעה את מצפונו, כך שבמשך שנים חש לא ראוי לקבל איחוד. עיניו נפלו על אחת הנשים הממתינות של אשתו, שהתעקשה להתחתן. פיליפ פנה ללותר ולתיאולוגים של ויטנברג לקבלת עצות. בתגובתו, אותה השלים בהרחבה עם אזכורים מקראיים, ציין לותר כי האבות של הברית הישנה היו נשואים ליותר מאישה אחת וכי כמדינה מיוחדת, פוליגמיה הייתה עדיין אפשרית. בהתאמה, פיליפ התקשר בנישואין שניים בסתר, אך זמן רב לאחר מכן נודע - וכך גם תפקידו של לותר בהבאתם.
מאמצע שנות ה -30 של המאה ה -30 לותר הוטל על ידי אבנים בכליות ומצב כלילי ברור. באופן מבויש מעט, הוא ייחס את בריאותו הלקויה לחומרת חייו במנזר. עם זאת, הוא המשיך בהוראתו האקדמית - משנת 1535 עד 1545 הוא הרצה על ספר בראשית, אחת התערוכות המקראיות התובנות ביותר שלו - והטיף בקביעות בכנסיית העיר עד שעמיתו יוהנס בוגאגן קיבל על עצמו את האחריות. כבר אז המשיך לותר להטיף במנזר האוגוסטיני. לאחר מותו של אחד מחבריו הוותיקים, ניקולאוס האוסמן, בשנת 1538 ושל בתו מגדלנה ארבע שנים לאחר מכן, התייחסויות למוות התרחבו יותר ויותר בהתכתבויות של לותר. כך כתב במכתב ביוני 1543 לחבר:
אני רוצה שתינתן לי שעה קטנה וטובה שאוכל להמשיך הלאה לאלוהים. היה לי מספיק. אני עייף. הפכתי לכלום. האם להתפלל בכנות בשבילי כדי שאלוהים ייקח את נשמתי בשלווה.
בפברואר 1546 נסע לותר, על אף מצבו הבריאותי, לאייזלן, העיירה בה נולד. הוא יצא לתווך מריבה מביכה בין שני אצילים צעירים ויהירים, הרוזנים אלברכט וגבהרד ממנספלד. הוא הצליח, והוא כל כך הודיע לאשתו במה שהוכיח כמכתבו האחרון. יום לאחר מכן, ב- 18 בפברואר, הגיע המוות. גופתו הוכנסה בכנסיית הטירה בווייטנברג.
