למרות שהיו בפנמה תנועות פרישה כאשר הייתה חלק מקולומביה במהלך המאה ה -19, לא היה דגל פנמני מוכר. בשנת 1903, כאשר הסנאט של קולומביה דחה את ההסכם המוצע עם ארצות הברית שהיה מסוגל לבנות תעלת פנמה, סייעו האמריקנים לתנועת העצמאות הפנמית, והוקמה הרפובליקה של פנמה.
בתחילה הוצע עיצוב דגל שהשתמש בצבעי הדגל הקולומביאני. זה כלל פסים אופקיים שווים של אדום וצהוב עם קנטון כחול ועליו שתי שמשות צהובות צמודות, המסמל את קישור שני חצאי כדור הארץ על ידי תעלת פנמה העתידית. עיצוב הדגל שנבחר לבסוף הפך לרשמי ב- 4 ביולי 1904; זה התחלק לרבעון עם שני כוכבים. הסמליות המיוחסת הייתה לסירוגין של שתי המפלגות הפוליטיות הגדולות בממשל (במקור, אדום היה עבור הליברלים, כחול עבור השמרנים, ולבן לשלום ביניהם), אם כי הצבעים והכוכבים רמזו בבירור להשפעת דגל דגל ארצות הברית. הדגל הפנמני תוכנן על ידי מנואל אי אמדור, בנו של הנשיא הראשון של הרפובליקה החדשה.
