החותם של ניו המפשייר אומץ בשנת 1784 בעקבות מלחמת המהפכה. ב- 28 בדצמבר 1792 התקבלה על ידי המחוקק תקנה המחייבת את הגדודים במיליציית המדינה לשאת את הדגל הלאומי ואת הצבעים הרגימנטיים המציגים את חותם המדינה. אולם יותר ממאה שנים חלפו לפני אימוץ דגל המדינה למטרות כלליות. חוק הדגל משנת 1909 קבע רקע כחול הנושא את חותם המדינה במרכז, ממוסגר על ידי זר דפנה עם תשעה כוכבים שזורים זה בזה, ומסמל את דרגת ניו המפשייר כמדינה התשיעית לאשרר את החוקה האמריקאית.
החותם, ששונה מעט בשנת 1931, כולל את הפריגטה ראלי שנבנתה בפורטסמות '. למרות שהספינה נבנתה בשנת 1776, החותם מראה לה דגלים מעופפים שלא אומצו עד 1777.
