הכנסייה האורתודוכסית היפנית, גוף אוטונומי של הכנסייה המזרחית האורתודוכסית, ביחס קנוני עם הפטריארכיה של מוסקבה, המאשרת את בחירת המטרופולין של טוקיו. הכנסייה האורתודוכסית היפנית נוצרה על ידי מאמציו של מיסיונר מצטיין, ניקולאי קסטקין (1836–1912), שהפך לארכיבישוף האורתודוקסי הראשון של יפן והוכתר בקדוש בשנת 1970.
מאז תחילת המשימה (1872), הכנסייה מעולם לא הייתה תלויה באנשי מיסיונרים זרים. הכמרים היפנים מוסמכים לאחר הכשרה בסמינר בטוקיו, וכינוס של אנשי דת וחזקות הוא בשליטה מלאה בענייני הכנסייה. אופי ילידי זה של האורתודוכסיה היפנית איפשר לה לשרוד כמה משפטים פוליטיים ותקופות בידוד, כמו מלחמת רוסיה-יפן ושתי מלחמות העולם. בין 1945-1970 הייתה הכנסייה תחת סמכותה הכנסית של המטרופוליט הרוסי של אמריקה. בשנת 1970 קיבלה חוק אוטונומי קבוע מהפטריארכיה של מוסקבה, כנסיית האם שלה. הקתדרלה האורתודוכסית של טוקיו - המכונה קתדרלת ניקולאי, עבור מייסדה, ניקולאי קאסטקין - היא אחד המבנים הדתיים הגדולים ביותר בבירה היפנית. בכנסייה, המונה כ- 30,000 חברים, יש דיוסציות בטוקיו, קיטו ו סנדאי.
