קרב קוזקו, (מאי 1536 - מרץ 1537). מנקו אינקה, בנו של אטחולפה, הביא עימו כוח של 400,000 לוחמים כאשר החל את תקיפתו על קוזקו בתחילת 1536. השוכן בבירת האינקה, הכובשים הספרדים נקטו בצעדים נואשים, אך עדיין הצליחו לעמוד בעשרה חודשים. המצור, ובכך גיבש את אחיזתם בפרו.
האינקה שילם כופר אדיר בזהב עבור שחרורם של אתאולאפה - מלךם ואלוהיהם - לאחר הפסדם בקרב על קג'מרקה (1532), אך מנהיג הכובש, פרנסיסקו פיזארו, עדיין אסיר את אסירו בסוף. מנקו תפס את מקומו כשליט האינקה. בהתחלה בתור להיות שליט בובות, מרד מרקו כשהבין כמה מעט סמכות תהיה לו. לאחר שנמצא מקלט בעמק היוקאי, גידל צבא: לוחמים נהרו לשם מכל קצוות פרו, ומתחומי האינקה באקוודור וצ'ילה. למרות שכוחותיו של פיזארו קיבלו משנה תוקף על ידי כניסות רעננות בשנים שחלפו מאז לקח את אימפריה האינקה עם 128 איש בלבד, הספרדים עדיין היו מספרם הגדול ביותר.
במאי 1536, האינקה היו מוכנים לנקמה ותקפו. הם הפתיעו את הספרדים והצליחו לכבוש את רוב העיר. באורח חיוני הם לקחו את מצודת איסקרס של Sacsahuaman. הכובשים נאלצו להעלות על עצמם את הרוזנות שלהם. בינתיים, מנותק מכל התמיכה, הם שלחו מפלגות לבקש עזרה מספרד החדשה (מקסיקו). טיולים אלה יורטו, חבריהם נהרגו או נלכדו. מנקו קבע לאסירים הספרדים הללו להורות ללוחמי האינקה שלו בשימוש בסוסים, חרבות ואקדחים. עם זאת, לאחר חודשים ארוכים של לחימה, הצליחו הספרדים לנתק אספקה לסקסואסואמן: לאחר מכן התנפלו על מנת לתקוף את המטה של מנצו באולנטאיטאמבו. התקפה זו הודחה, אולם כאשר מנקו עבר לקוזקו לצורך ההרג, הופתע כוחו שלו. האינקה הובסו, ואושרו שלטונם של הספרדים על פרו.
הפסדים: לא ידוע.
